Фондот за здравствено осигурување на РМ ги врши следниве работи:

• ги  спроведува  прописите  и  политиката  на  развојот  и  унапредувањето  на здравствената заштита во врска со задолжителното здравствено осигурување;
• со општи акти ги уредува прашањата за кои е овластен со овој закон;
• планира и прибира средства од задолжителното здравствено осигурување;
• обезбедува  остварување  на  права  од  задолжителното  здравствено  осигурување  на осигурените  лица,  се  грижи  за  законито  остварување  на  нивните  права  и  им  пружа стручна помош при остварувањата на нивните права и интереси;
• ги плаќа здравствените услуги за осигурените лица на здравствените установи кои ги обезбедуваат здравствените услуги според бројот на осигурени лица (капитација) во примарна здравствена заштита, според утврдени цени на здравствените услуги во специјалистичко-консултативната здравствена заштита и здравствени услуги во болничка здравствена заштита: групирани по дијагностички сродни групи (ДСГ) методологија за акутна нега на хоспитализирани болни според утврдени дијагностички сродни групи ДСГ референтни цени и според утврдени цени на здравствени услуги во болничка здравствена заштита за дневна болница, хронично лежечки болни и медицинска рехабилитација и физикална терапија за лежечки болни;

• ги плаќа надоместоците на плати и други парични надоместоци;
• ги утврдува референтните цени на здравствените услуги, лековите, ортопедските и други помагала кои ги надоместува Фондот, на кои министерот за здравство дава согласност;
• договара обезбедување на здравствени услуги на осигурените лица со здравствените установи  според  нормативи  и  стандарди  базирани  врз  усвоена  медицинска  доктрина и медицина базирана на докази за ефикасна и рационална здравствена заштита;
• развива  сопствен  информативен  систем  со  потребни  податоци  за  задолжителното здравствено осигурување (издава електронска картичка за здравствено осигурување и води евиденција за нејзиното издавање,  води и други евиденции од здравственото осигурување);
• ги  спроведува  меѓународните  договори  во  делот  на  задолжителното  здравствено осигурување;
• врши  увид  и  контрола  на  договорениот  обем  и  вид  на  обезбедени  здравствени услуги на осигурените лица во здравствените установи, на документацијата поврзана со укажаните здравствени услуги и на спроведувањето на медицината базирана на докази;
• презема  мерки  за  ефикасно,  ефективно  и  економично  користење  на  средствата  од задолжителното здравствено осигурување;
• одлучува за правата од задолжителното здравствено осигурување во прв степен и
• врши  и  други  paбoти  во  врска  со  правата  и  обврските  од  задолжителното здравствено осигурување.