Управата за заштита на растенијата како национален орган во состав на Министерството за земјоделство, шумарство и водостопанство формирана е во 2000 година тогаш наречена Фитосанитарна управа. Фитосанитарната политика ја уредувааат три закони:

Законот за здравјето на растенијата, Законот за производи за заштита на растенијата и Законот  за ѓубриња.

Организационата поставеност на Управата за заштита на растенијата

1. Сектор за заштита на растенијата

• Oдделение за заштита на растенијата и прогноза за болести и штетници
• Oдделениe за регионални центри – лаборатории

2. Сектор за агрохемија

• Oдделение за производи за заштита на растенијата
• Oдделение за ѓубриња

3. Сектор за фитосанитарна регулатива и менаџмент

Во вршењето на инспекцискиот надзор, фитосанитарниот инспектор на граничен премин има право да:

• провери дали увозникот е запишан во соодветниот регистар на увозници на семенски и саден материјал;
• дали семенскиот и садниот материјал ги исполнува условите за увоз согласно со членот 26 на овој закон и прописите од областа на здравјето на растенијата;
• по претходна оцена зема мостри од семенскиот или садниот материјал и ги испрати за анализа во овластена лабораторија;
• утврди дали пратката е придружена со пропишаните сертификати и дали е запишана во националната сортна листа на сорти или дали има одобрение за увоз;
• доколку оцени дека семенскиот и садниот материјал не одговара на одредбите на овој закон, со решение ќе го задолжи увозникот до одреден рок да го отстрани недостатокот или да ја врати пратката назад. Ако не се отстранат недостатоците или не се врати пратката назад, инспекторот на граничниот премин во присуство на официјално лице од царинската служба ќе ја одземе или уништи пратката.