Надлежностите на Државната фитосанитарна лабораторија се определени согласно Законот за здравје на растенија. Лабораторијата е организирана во четири одделенија:

 Одделение за административно техничка поддршка

• Работи од административен и техничко-оперативен карактер во врска со активностите на ДФЛ,
• Комуникација и координација помеѓу ДФЛ и Фитосанитарната Управа, Управата за семе и саден материјал како и помеѓу други соодветни органи и институции.
• Изготвување информации за инспекциите во врска со задолжителни и опциони следења и мониторинг програми,
• Учествува во изготвување на буџетска проценка на потребите на ДФЛ и
• Планира програми за обука на персоналот и е задолжена за меѓународната комуникација на ДФЛ.

 Одделение за хемиски испитувања

Активностите на Одделението за хемиски испитувања се реализираат во лабораторијата за контрола на квалитетот на производите за заштита на растенија.

Статутарните надлежности на Одделението за хемиски испитувања се определени согласно барањата на ЕУ Директивата 91/414 и вклучуваат:

•  испитување на содржината на активната супстанца во производите за заштита на растенија
•  испитување на физичко-хемиските својства во производите за заштита на растенија,
•  определување на нечистотии во Производите за заштита на растенија.

 Одделение за дијагностика

 Одделението за дијагностика се состои од шест лаборатории:

• Лабораторија за вирологија,
• Лабораторија за бактериологија
• Лабораторија за микологија,
• Лабораторија за молекуларна дијагностика,
• Лабораторија за нематологија,
• Лабораторија за ентомологија.

Статутарните надлежности на Одделението за дијагностика се лабораториски испитувања согласно меѓународните протоколи за идентификација и дијагностика на: вируси, бактерии, габи, нематоди и инсекти, вклучувајќи ги карантинските и регулираните некарантински организми кај растенијата.

 Одделение за испитување на семе и саден материјал

 Работата во одделението за семе е организирана во две лаборатории:

• Лабораторија за испитување на ‘ртливост на семе
• Лабораторија за испитување на влага и чистота на семе.

Статутарните надлежности на одделението за испитување на семе и саден материјал се анализа на квалитетот на семето и се состои од три основни испитувања: влага, ‘ртливост и чистота.