Капетанијата на пристаништата врши работи кои се однесуваат на уредување на односите на учесниците во внатрешната (езерска и речна) пловидба.

 Во Капетанијата на пристаништата се формира едно одделение:

Одделение за внатрешна пловидба

Oдделението врши технички и стручни работи од областа на безбедноста на пловидбата; издавање одобренија за користење на пловните патишта, пристаништа, зимовници, сидришта и капалишта; врши упис и бришење на пловни објекти; води регистар на бродови и чамци, води регистар и издава бродски книшки, дозволи за качување, овластувања за вршење работи за соодветно звање на брод и уверенија за оспособеност за управување со чамец, издава одобренија за доаѓање на странски јахти и чамци, организира спасување на човечки животи и имот во внатрешните води; издава одобренија за вадење на потонати предмети; врши увид во работењето и постапувањето на учесниците во езерската пловидба; вршење инспекциски надзор во водениот сообраќај; преземање управни и други мерки во врска со постапувањето на учесниците во езерскиот сообраќај.