За извршување на работите што се однесуваат на сигурноста во железницата се формира Управа за сигурност во железничкиот систем, како орган во состав на Министерството за транспорт и врски.

Надлежности што ги врши Управа за сигурност во железничкиот систем

• издава потврда за пуштање во употреба на структурните потсистеми кои го сочинуваат железничкиот систем во согласност со закон, врши проверка на системот дека функционира и се одржува во согласност со релевантните основни барања;
• врши надзор на составните делови на интеропаребилност кои се во согласност со основните барања согласно со закон;
•  издава потврда за пуштање во употреба на ново и значително изменето железничко возило кое сè уште не е во согласност со техничките спецификации за интероперабилност;
• издава, обновува, дополнува и повлекува сертификат за сигурност и одобрение за сигурност, издадени согласно со закон и проверува дека условите и барањата се исполнети;
• предлага измени на прописите од областа за сигурноста на железничкиот систем;
•  врши надзор над железничките возила дека се регистрирани во Националниот регистар за железнички возила и дека информациите за сигурност што ги содржи регистарот се точни и ажурирани.